Contenuto
- Che cosa sono un genotipo e un fenotipo?
- Spiegazione della genotipizzazione dell'HIV
- Spiegare l'HIV Phenoytyping
- Quando viene eseguito un test di resistenza genetica?
Quando si verifica un fallimento del trattamento, è necessario selezionare combinazioni di farmaci alternative per sopprimere questa nuova popolazione di virus resistenti. Test di resistenza genetica aiuta a facilitare ciò identificando i tipi di mutazioni resistenti nel "pool virale" di una persona, accertando al contempo quanto siano sensibili quei virus a possibili agenti antiretrovirali.
Per i test di resistenza genetica nell'HIV vengono utilizzati due strumenti principali: il Test genotipico dell'HIV e il Test fenotipico dell'HIV.
Che cosa sono un genotipo e un fenotipo?
Per definizione, un genotipo è semplicemente il trucco genetico di un organismo, mentre un fenotipo sono le caratteristiche o tratti osservabili di quell'organismo.
Le analisi genotipiche (o genotipizzazione) funzionano identificando le istruzioni ereditate all'interno della codifica genetica di una cellula, o DNA. I saggi fenotipici (o fenotipizzazione) confermano l'espressione di tali istruzioni sotto l'influenza di diverse condizioni ambientali.
Sebbene l'associazione tra genotipo e fenotipo non sia assoluta, la genotipizzazione può spesso essere predittiva del fenotipo, in particolare quando i cambiamenti nel codice genetico conferiscono ai cambiamenti attesi nei tratti o nelle caratteristiche, come nel caso dello sviluppo di resistenza ai farmaci.
La fenotipizzazione, d'altra parte, conferma il "qui e ora". Ha lo scopo di valutare la reazione di un organismo a specifici cambiamenti nella pressione ambientale, come quando l'HIV è esposto a diversi farmaci e / o concentrazioni di farmaci.
Spiegazione della genotipizzazione dell'HIV
La genotipizzazione dell'HIV è generalmente la tecnologia più comune utilizzata per i test di resistenza. L'obiettivo del test è rilevare mutazioni genetiche specifiche nel file gag-pol regione del virus ' genoma (o codice genetico). Questa è la regione in cui gli enzimi della trascrittasi inversa, della proteasi e dell'integrasi, i bersagli della maggior parte dei farmaci antiretrovirali, sono codificati sulla catena del DNA.
Amplificando prima il genoma dell'HIV utilizzando la tecnologia della reazione a catena della polimerasi (PCR), i tecnici di laboratorio possono sequenziare (o "mappare") la genetica del virus utilizzando varie tecnologie di rilevamento delle mutazioni.
Queste mutazioni (o accumulo di mutazioni) sono interpretate da tecnici che analizzano la relazione tra le mutazioni identificate e la suscettibilità attesa del virus a diversi farmaci antiretrovirali. I database in linea possono aiutare confrontando la sequenza del test con quella di un prototipo di virus "wild-type" (cioè, l'HIV che non contiene mutazioni resistenti).
L'interpretazione di questi test viene utilizzata per determinare la suscettibilità ai farmaci, con il maggior numero di mutazioni chiave che conferiscono livelli più elevati di resistenza ai farmaci.
Spiegare l'HIV Phenoytyping
La fenotipizzazione dell'HIV valuta la crescita dell'HIV di una persona in presenza di un farmaco, quindi la confronta con la crescita di un virus di controllo, wild-type nello stesso farmaco.
Come con i test genotipici, i test fenotipici amplificano la regione gag-pol del genoma dell'HIV. Questa sezione del codice genetico viene quindi "innestata" su un clone di tipo selvatico utilizzando tecnologia del DNA ricombinante. Il virus ricombinante risultante viene utilizzato per infettare le cellule di mammifero in vitro (in laboratorio).
Il campione virale viene quindi esposto a concentrazioni crescenti di diversi farmaci antiretrovirali fino a ottenere una soppressione virale del 50% e 90%. Le concentrazioni vengono quindi confrontate con i risultati del campione wild-type di controllo.
Le variazioni di "piegatura" relative forniscono l'intervallo di valori in base al quale viene determinata la suscettibilità al farmaco. Un cambiamento quadruplo significa semplicemente che era necessaria una quantità di farmaco quattro volte maggiore per ottenere la soppressione virale rispetto a quella del tipo selvatico. Maggiore è il valore di piega, meno suscettibile è il virus a un farmaco specifico.
Questi valori vengono quindi inseriti all'interno degli intervalli clinici inferiori e clinici superiori, con valori superiori che conferiscono livelli più elevati di resistenza ai farmaci.
Quando viene eseguito un test di resistenza genetica?
Negli Stati Uniti, il test di resistenza genetica viene tradizionalmente eseguito su pazienti naïve al trattamento per determinare se hanno una resistenza ai farmaci "acquisita". Studi negli Stati Uniti suggeriscono che tra il 6% e il 16% del virus trasmesso sarà resistente ad almeno un farmaco antiretrovirale, mentre quasi il 5% sarà resistente a più di una classe di farmaci.
Il test di resistenza genetica viene utilizzato anche quando si sospetta resistenza ai farmaci in soggetti in terapia. Il test viene eseguito mentre il paziente sta assumendo il regime fallito o entro quattro settimane dall'interruzione del trattamento se la carica virale è superiore a 500 copie / ml. I test genotipici sono generalmente preferiti in questi casi in quanto costano meno, hanno un tempo di risposta più rapido e offrono una maggiore sensibilità per la rilevazione di miscele di virus selvatici e resistenti.
Una combinazione di test fenotipici e genotipici è generalmente preferita per le persone con resistenza complessa e multi-farmaco, in particolare per quelle esposte agli inibitori della proteasi.